Z nejstarší historie

První zpráva o jistebnické škole pochází z konce 14. století. V té době se děti k učení scházely v hospodských sálech, na farách nebo v soukromých obydlích. Prvním známým doloženým učitelem v Jistebnici byl Petr ze Sezimova Ústí.
Potom se zprávy o zdejší škole odmlčely a nepodařilo se je dohledat až do 16. století.

První jistebničtí kantoři

Místo, kde stávala první jistebnická škola je totožné se současným. Prvním historicky doloženým „rektorem“ byl Jan Žitavský. Dalším známým učitelem byl Vavřinec, po něm následoval Augustin Smolík, Kalixta Andreas Velešínský. Dále jsou uváděni Jan Šmideler, Samuel František Pasecký a Bohumír Gareis. Ve 40. letech 17. století byl kantorem a správcem školy Jakub Rataj. Roku 1696 se stal novým kantorem František Borš.

V 17. století obec přispívala na kantora z příjmů získaných z práva obchodu se solí a z vaření piva. V roce 1677 pobíral kantor plat 10 kop od obce, 12 strychů žita z knížecí úrody, měl právo posklizňového sběru do výše 12 mandelů žita, 5 pšenice, 6 ječmene a 8 ovsa.

Škola v průběhu 18. století

V 18. století již učitele dosazovala obec, ale i přes to musel být potvrzen biskupskou konzistoří, která nad školami vykonávala vrchní dozor. Škola byla jednotřídní a vyučoval se především katechismus, církevní zpěv, čtení, psaní a počty. Na základě císařského nařízení se mělo v roce vyučovat 48 týdnů, ale obvykle se to neplnilo, protože děti musely pomáhat na poli či v hospodářství. V těch letech jistebnickou školu navštěvovalo asi 240 dětí a to i z okolních vesnic a osad.

Kniha hanby a cti

V jistebnické škole existovaly 2 knihy a to Kniha hanby a Kniha cti pro pilné a mravné žáky. Do první knihy se obvykle vlastnoručně zapisovali provinilci a stručně vylíčili svůj prohřešek. Nejstarší zápis je pravděpodobně z roku 1859, a to o tom, že žáci u Křivošína loupali kůru ze stromů. Poslední zápis v Knize hanby je z roku 1897, když se dva žáci dopustily krádeže a opilství. Kniha cti byla vedena do roku 1874 a žáci zde byli zapisování do třech skupin, a to výborní, výteční a pak ti, co se předchozím přiblížili nejvíce.

V té době navštěvovalo školu 540 dětí.

Zřízení chlapecké měšťanské školy

Zvýšený počet žáků, který si ve škole již vyžádal 5 tříd, znamenal mimo jiné i to, že stará škola přestala svou kapacitou stačit. Bylo tedy rozhodnuto o stavbě nové dvoupatrové budovy se čtyřmi třídami a učitelským bytem. Náklady na stavbu byly 14 000 zlatých. Z roku 1890 se v obecní knize nachází údaj, že z rozhodnutí Hospodářského spolku v Táboře byla Jistebnice vybrána pro zřízení hospodyňské školy.

Přelom 19. a 20. století

Pouze několik let byla v Jistebnici škola o jedné třídě pro děti z židovské komunity. S ohledem na zvýšení počtu tříd po zřízení měšťanské školy a 6. třídy dívčí se zjistilo, že školní budova už opět nedostačuje na ní kladeným požadavkům. Bylo nutno zajistit nové prostory. Nová budova měla 9 tříd, tělocvičnu a byt školníka v přízemí.

O dění ve škole v prvním desetiletí 20. století mnoho zpráv neexistuje.

Období nedostatku informací

Z doby 1. světové války víme také málo informací. Ani z dalších let se mnoho zpráv nedochovalo. Až v roce 1920 uvádí obecní kronika zprávu, že rozhodnutím Zemské školní rady v Praze byla jistebnická měšťanská škola chlapecká sloučena s dívčí třídou obecné školy, a vznikla tak koedukovaná měšťanka. V roce 1936 byl při měšťanské škole zřízen jednoroční učební kurz, který navštěvovalo 15 chlapců a 11 dívek.

Škola v době protektorátu

Od roku 1940 lze čerpat informace ze školní kroniky, která je uložena v třeboňském archivu. Byla provedena revize učebnic a nevhodné se musely vyřadit. Došlo také k oddělení obecné a měšťanské školy. Od té doby školní kronika popisuje pouze dění na měšťanské škole.

V roce 1942 se přestal užívat název měšťanská škola a podle nařízení byla označována jako škola hlavní. Podle protektorátní vyhlášky se přestal vyučovat dějepis v českých zemích a česká literatura, zvýšil se počet hodin německého jazyka.

Od školního roku 1943/1944 byly zavedeny povinné přijímací zkoušky do hlavní (měšťanské) školy, takže děti z obecné školy již nepřecházely automaticky. Ve válečných letech se často škola potýkala s nedostatkem uhlí, a proto byly několikrát vyhlášeny uhelné prázdniny.

Dne 27. Února 1945 byly školní třídy zabrány pro ubytování německých uprchlíků, proto se vyučovalo v hostincích.

Poválečná léta

Po osvobození se opět zahájilo vyučování, a to již dne 28. května, kdy proběhlo slavnostní shromáždění. Přestalo povinné vyučování německého jazyka a na obecné škole se místo něho učila ruština. V poválečných létech byl ředitelem obecné školy František Janovský a školu navštěvovalo 120-140 dětí. V první polovině 50. let došlo ke školské reformě, která sloučila školu obecnou a měšťanskou školu v jedinou – osmiletou.

Škola zemědělská, zvláštní a také devítiletá

Vzhledem k tomu, že počet žáků osmileté školy přesáhl 300, začalo se znovu uvažovat o rozšíření školy, tentokrát se plánovala přístavba pavilonového typu. V roce 1960 byla uzákoněna devítiletá školní docházka. Zemědělská škola byla přemístěna do Stádlce a byla zahájena stavba školního pavilonu. Zřízena byla zvláštní škola, kterou navštěvovalo 8 dětí, umístěna byla v budově sokolovny. Počet žáků se stále zvyšoval, vyučovalo se již ve 12 učebnách.

Nedostatek učeben

Stále probíhalo jednání o stavbě nové školní budovy, protože postavený pavilon potřebám školy nevyhovoval. Škola měla 11 tříd, počet dětí se pohyboval kolem 300. Vzhledem k tomu, že škola stále nemohla pojmout vysoký počet žáků, uvažovalo se o opětovném vymístění zvláštní školy, ale nenašly se vhodné místnosti. Nakonec bylo po jednání s MNV a ředitelem školy v Nadějkově nalezeno řešení. Žáci 1. ročníku byli přemístěni v nadějkovské škole, kam je odvážel autobus.

Cesta k právní subjektivitě

V roce 1980 se konečně začala stavět nová školní budova. Hned 1. září 1982 byla slavnostně otevřena nová školní budova. V roce 1984 proběhla další školní reforma a povinná školní docházka byla prodloužena na 10 let s tím, že poslední 2 roky mohou žáci absolvovat v učilištích či středních školách. V roce 1989 odešla do důchodu dosavadní ředitelka a do funkce byl jmenován Bořek Jelínek. Do učebního plánu byl zařazen nový nepovinný předmět informatika. Díky tomu byla vybudována počítačová učebna. V roce 1996 se ZDŠ dočkala také nové moderní školní stravovny. Škola dále podporuje rozvoj pohybových dovedností žáků, a to jak ve škole, tak také v mimoškolních aktivitách, a zabývá se i rozvíjením komunikačních schopností v mateřském jazyce, v cizích jazycích i prostřednictvím informačních a komunikačních technologií.